يشتمل التنظيم الإداري للوكالة الموضوعاتية للبحث في العلوم الاجتماعية والإنسانية، على ما يأتي:
- مدير الوكالة
- الأمانة العامة:
ينسق الأمين العام نشاط المصالح الإدارية والتقنية الآتية:
- مصلحة الموظفين والتكوين،
- مصلحة الميزانية والمحاسبة،
- مصلحة الوسائل العامة.
يلحق بالأمين العام مكتب الأمن الداخل
- المديرية المســاعــدة لبـرمجـة نـشـاطـات البحث وتقييمها:
تكلف المديرية المســاعــدة لبـرمجـة نـشـاطـات البحث وتقييمها بإعداد نشاطات البحث والبرامج السنوية والمتعددة السنوات للبحث وتقييمها والسهر على تنفيذها،
وتتكون من المصالح الآتية:
- مصلحة تشخيص وبرمجة نشاطات البحث،
- مصلحة الطاقات العلمية البشرية،
- مصلحة متابعة نشاطات البحث وتقييمها،
- مصلحة الشبكات الموضوعاتية للبحث.
- المديرية المساعدة للتثمين والعلاقات الخارجية:
تكّلف المديرية المساعدة للتثمين والعلاقات الخارجية بتطوير علاقات التبادل والتعاون مع أي هيئة وطنية أو أجنبية تعمل في الميدان نفسه، وضمان تثمين ونشر نتائج البحث وتوزيعها، وكذا مساعدة المخترعين في مجال حماية البراءات، وتتكون من المصالح الآتية:
- مصلحة العلاقات الخارجية والتعاون،
- مصلحة التظاهرات العلمية والتنشيط والاتصال،
- مصلحة تشخيص وتثمين نتائج البحث،
- مصلحة الابتكار والرصد العلمي والتكنولوجي الاستراتيجي،
- مصلحة الشبكات المعلوماتية والإعلام.
- قسم مشاريع البحث العلمي والتطوير التـكـنولــوجـي
يكّلف قسم تموين مشاريع البحث العلمي والتطوير التـكـنولــوجـي بتـمـويـل عمـلـيـات ونشـاطـات البـحـث المقـررة والتسيير المالي للنفقات المتعلقة بسير الشبكات الموضوعاتية للبحـث. ويـسـاهـم فـي تمـويـل التـظـاهـرات العـلـمـية المرتبـطـة بنـشــاطـات الـوكـالــة، ويتـكــون مـن المـصالـح الآتـيـة:
- مصلحة الشؤون القانونية والعقود والاتفاقيات،
- مصلحة تمويل برامج ونشاطات البحث،
- مصلحة الجرد والأرشيف والتجهيزات العلمية
